Здание НПЦ специальной медицинской помощи детям представляет собой современное сооружение, отличающееся как уникальным архитектурным решением, так и высокотехнологичным медицинским оснащением, позволяющим существенно расширить лечебно-диагностические возможности Научно-практического центра по оказанию помощи больным детям с различной патологией. В атриуме, который соединяет два корпуса, расположен зимний сад, огромный аквариум с экзотическими видами рыб. Здесь проходят всевозможные праздники и концерты, перед детьми и родителями выступают клоуны, артисты эстрады, их сверстники из детских творческих коллективов Москвы.
НПЦ специальной медицинской помощи детям является государственным учреждением здравоохранения и оказывает специализированную медицинскую помощь детям в возрасте от первых дней жизни до 18 лет по следующим направлениям: хирургическое и комплексное реабилитационное лечение врожденных пороков развития и приобретенных деформаций черепно-челюстно-лицевой области, а также опорно-двигательного аппарата; комплексное лечение всех видов злокачественных и доброкачественных опухолей; хирургическое и реабилитационное лечение врождённых пороков развития центральной нервной системы; лечение врожденной и приобретенной тугоухости; лечение заболеваний сетчатки у новорожденных и грудных детей; комплексная терапия всех видов судорожных состояний, в том числе устойчивых к стандартному лекарственному лечению. Стационар Центра рассчитан на 315 коек.
С сентября 2006 года в Центре работает первое в России и единственное на сегодняшний день в Москве отделение паллиативной медицинской помощи детям на дому – служба медицинского и социального патронажа тяжелобольных пациентов, а также детей, получающих лечение и временно находящихся дома.
В сентябре 2012 года в структуре НПЦ специальной медицинской помощи детям появились два новых подразделения: Консультативно-диагностический центр на улице Авиаторов, 22 и Центр паллиативной помощи детям на улице Чертановской, 56а. Центр имеет также филиал на Лосином острове, где по решению Правительства Москвы ведется подготовка к открытию первого в нашем городе Центра долечивания и реабилитации детей с онкологическими и неврологическими заболеваниями.